生物育種是種業創新的核心。蘇墾農科院緊緊圍繞集團公司第二次黨代會提出的“打造‘一核引領、雙擎驅動’現代農業航母”的戰略目標，加快構建生物育種開放式創新平臺，集聚生物育種資源要素，提高生物育種技術應用能力。
2023年中央一號文件首次提出生物育種產業化，今年中央一號文件提出推動生物育種產業化擴面提速。蘇墾農科院搶抓種業發展新機遇，持續推進生物育種創新開放式平臺構建，加大生物育種技術的應用。對內將加快實驗室設備的升級更新，建設快速育種平臺、表型鑒定平臺和生物育種大數據平臺等；對外加大和國內一流生物育種專業團隊的交流合作，加快推進小麥雙單倍體育種技術、水稻基因編輯技術、玉米轉基因技術、智慧育種技術等應用。
蘇墾農科院把生物育種技術貫穿到農作物種質資源精準鑒定、優異種質創制、突破性品種選育、優質種子生產等方面，形成完整的生物育種創新鏈。在種質資源鑒定上，利用分子標記技術對大華種業現有的3000余份稻麥種質資源做個全面的“體檢”，把種質資源轉變為基因資源，挖掘利用抗病、品質、抗除草劑等10多個功能基因，鑒定出一批攜帶多種抗性基因的寶貴育種資源；在優異種質創制上，利用分子標記輔助選擇技術實現優異基因的聚合累加，實現品種的定向改良，目前已經實現對“華麥”“華粳”底盤品種的抗病性、抗除草劑、食味品質等定向改良，獲得優異種質50余份；在突破性品種選育上，利用分子標記輔助選擇技術持續跟蹤目標基因在育種后代的表現情況，實現育種工作由“大海撈針”向“定向撒網”的轉變，精準篩選出潛力性狀好的“優等生”，目前實驗室重點跟蹤5個功能基因，每年檢測材料近4000份，檢測數據近2萬份，一批優良品系即將出圃；在優質種子生產上，利用“DNA指紋圖譜”技術開展品種的真實性和純度鑒定，建立一套完整的鑒定體系，2020年前后完成墾區主栽的7個水稻品種真實性分析和遺傳聚類分析，2023年完成華粳5號等20余個稻麥品種的真實性鑒定，大大提高了墾區良種繁育的質量。建立轉基因檢測體系，開展墾區抗除水稻品種和油菜的轉基因檢測，保障糧食生產的安全性。
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